Istniejące od 1945 r. Wydawnictwo Instytutu Zachodniego publikuje rozprawy naukowe dotyczące historii i współczesności Niemiec, jak również szeroko pojętych stosunków polsko-niemieckich, widzianych na tle procesów integracyjnych Europy. Pozostaje czołowym polskim wydawnictwem w zakresie studiów niemcoznawczych. Wydawnictwo publikuje teksty zarówno pracowników instytutu, jak również i autorów zewnętrznych.
Nieprzerwanie od 1945 r. ukazuje się nakładem Wydawnictwa kwartalnik „Przegląd Zachodni”, a w toku ponad 60 lat działalności opublikowano ponad 450 pozycji zwartych oraz prawie 500 zeszytów czasopism. Od 2008 r. realizowane są dwa nowe projekty wydawnicze w postaci ukazujących się w wersji elektronicznej „Biuletynów Instytutu Zachodniego” oraz publikowanych w trzech językach – polskim, angielskim oraz niemieckim – „IZ Policy Papers”. Biuletyny stanowią doraźne eksperckie komentarze do bieżących wydarzeń politycznych, natomiast IZ Policy Papers są tematycznymi opracowaniami poświęconymi węzłowym problemom polskiej polityki zagranicznej. W numerach IZ Policy Papers wydanych w roku 2009 znalazły się m. in.: Historia i pamięć: masowe przesiedlenia 1939 – 1945 – 1949 oraz Międzynarodowa solidarność. Operacje pokojowe ONZ, NATO i UE. Natomiast w roku 2010 opublikowano opracowania pt. Przyszłość NATO – trudne decyzje oraz Polacy i Niemcy w UE (2004-2009): główne problemy i wyzwania.
Wydawnictwo Instytutu Zachodniego prowadzi liczne serie wydawnicze, między innymi: Studia europejskie, Zeszyty Instytutu Zachodniego, Studia niemcoznawcze Instytutu Zachodniego. Efektem wieloletnich badań są dwie obszerne prace o charakterze encyklopedycznym: leksykon Niemcy współczesne i Encyklopedia Konspiracji Wielkopolskiej (1939-1945). Od kilku lat coraz szerzej podejmowana jest problematyka przeszłości i teraźniejszości krajów Europy Środkowej i Wschodniej. Najnowsze publikacje oscylują wokół takich tematów, jak: określenie miejsca zjednoczonych Niemiec na arenie międzynarodowej, integracja europejska i transformacja państw Europy Środkowej, Południowej i Wschodniej; rola i znaczenie Unii Europejskiej (jej polityka regionalna, członkostwo poszczególnych państw); kształtowanie europejskiego systemu bezpieczeństwa; globalne problemy świata; znaczenie elit w jednoczących się Niemczech; najnowsza historia stosunków polsko-niemieckich.
Wydawnictwo Instytutu Zachodniego stworzyło całą bibliotekę opracowań dotyczącą problematyki Ziem Zachodnich i Północnych, Niemiec i stosunków polsko-niemieckich, w tym wiele dzieł o charakterze pionierskim i o podstawowym znaczeniu dla nauki polskiej. Publikacje adresowane są przede wszystkim do środowisk akademickich: naukowców i studentów oraz dziennikarzy. Spora cześć nakładów trafia za granicę, dzięki kontaktom, jakie Instytut utrzymuje z wieloma liczącymi się ośrodkami naukowymi w Europie oraz Ameryce Północnej. Wszystkie wydawnictwa, zarówno najnowsze, jak i archiwalne, można nabyć bezpośrednio w Instytucie, sprzedaż prowadzą również księgarnie naukowe. Informacje o publikacjach znajdują się na stronie internetowej Instytutu.
