Instytut Zachodni posiada bogatą, ponadsześćdziesięcioletnią tradycję naukową, którą wyraża hasło: Polska - Niemcy - Europa. Instytut realizuje badania poświęcone stosunkom międzynarodowym w Europie, ze szczególnym uwzględnieniem  Niemiec oraz szeroko rozumianych relacji polsko-niemieckich.

Badania prowadzone aktualnie w Instytucie Zachodnim koncentrują się wokół następujących wątków tematycznych: 

• Dzieje najnowsze Niemiec;
• Przemiany polityczne, gospodarcze, społeczne i kulturowe w Niemczech;
• Rola Niemiec na arenie międzynarodowej, Stosunki polsko-niemieckie; 
• Wojna i okupacja 1939-1945;
• Przemiany społeczne i kulturowe na Ziemiach Zachodnich i Północnych;
• Przeobrażenia wewnętrzne Unii Europejskiej;
• UE w stosunkach międzynarodowych (w tym stosunki transatlantyckie).

Instytut Zachodni łączy pracę stricte naukową z praktycznie zorientowaną działalnością ekspercką, jak również inicjatywami na rzecz szeroko pojętego kształcenia politycznego. Prace naukowe Instytutu Zachodniego cechuje interdyscyplinarne podejście do problemów badawczych oraz wielowymiarowy charakter badań. Duże znaczenie przypisywane jest do łączenia prac badawczych z wykorzystaniem ich wyników dla praktyki politycznej.

Do realizowanych w Instytucie badań należą m. in. następujące projekty:

• RFN 20 lat po zjednoczeniu. Polityka - gospodarka - społeczeństwo: Projekt ma udzielić odpowiedzi na pytanie o charakter, kierunek i konsekwencje przemian w Niemczech od czasu zjednoczenia dwóch państw niemieckich w 1990 r. do chwili obecnej. Ma on na celu przedstawienie kompleksowego obrazu sytuacji politycznej, gospodarczej, społecznej i kulturowej w Republice Federalnej Niemiecm, jak również ocenę relacji zewnętrznych RFN (w tym stosunków niemiecko-polskich);
   
• Polacy w Niemczech: Celem projektu jest zdiagnozowanie aktualnej sytuacji Polaków oraz osób polskojęzycznych w Niemczech, obejmującej analizę takich aspektów, jak przemiany tożsamości narodowej Polaków w Niemczech, migracje zarobkowe, możliwości organizacyjne, wizerunek Polaków w niemieckich mediach, osadnictwo polskie na terenie byłej NRD;
   
• Dostosowania do wymogów Unii Europejskiej (przykład Polski ze szczególnym uwzględnieniem Wielkopolski): Projekt realizowany wspólnie przez Instytut Zachodni oraz Uniwersytet w Marburgu poświęcony został próbie odpowiedzi na pytanie, czy województwo wielkopolskie jest w stanie realizować cele rozwojowe polegające na wzmacnianiu swojej konkurencyjności w porównaniu z innymi regionami Polski oraz UE.

Instytut jest również organizatorem oraz uczestnikiem wielu międzynarodowych projektów badawczych, sympozjów i konferencji, które służą wymianie myśli na temat najważniejszych zagadnień europejskich. Instytut Zachodni współpracuje z licznymi uniwersytetami i pozauniwersyteckimi ośrodkami badawczymi.