Archiwum II wojny światowej Instytutu Zachodniego to uporządkowany zbiór dokumentów i materiałów archiwalnych oraz fotografii dotyczących wojny i okupacji niemieckiej w Polsce i Europie (l939-l945).
Cały zbiór liczy ponad 2500 pozycji inwentarzowych ( około 5000 teczek) oraz około 7000 fotografii. Archiwum składa się z następujących działów:
1. Dokumenty niemieckie (960 pozycji inwentarzowych, sygn. I.Z. Dok. I). Największą grupę dokumentów stanowią akta: Reichsstatthalter Warthegau, Regierungspräsident - Posen, Reichsstatthalter Danzig - Westpreussen, Der Chef der Sicherheitspolizei und des SD - Umwandererzentralstelle-Posen, Der Chef der Sicherheitspolizei und des SD Einwandererzentralstelle, Reichsuniversität - Posen, Oberlandesgericht - Posen, Reichsjustizministerium, zbiór ulotek propagandowych, plakatów oraz czasopism..
Dotyczą: działań wojennych na terenie Polski oraz zachodniej Europy, założeń hitlerowskiej polityki narodowościowej na ziemiach polskich wcielonych do Rzeszy oraz w Generalnym Gubernatorstwie; położenia oraz eksterminacji ludności polskiej i żydowskiej; wysiedleń oraz przesiedleń Polaków i Żydów; polityki w stosunku do polskiej kultury, nauki, oświaty oraz kościoła katolickiego; niemieckiego osadnictwa na ziemiach polskich; organizacji nauki niemieckiej; sytuacji Niemców w Polsce; spraw SS, policji, NSDAP oraz Wehrmachtu. W dziale tym znajdują się również niemieckie ulotki propagandowe, prasa oraz czasopisma.
2. Dział wspomnień, pamiętników i relacji ( 480 pozycji inwentarzowych, sygn. I.Z. Dok. II) dotyczących: wywiadu niemieckiego na ziemiach polskich przed agresją 1939 r., działań wojennych w 1939 r. polityki narodowościowej wobec Polaków i Żydów, obozów koncentracyjnych i jenieckich, więzień, pracy przymusowej, udziału w konspiracji niepodległościowej, powstania warszawskiego.
3. Dział protokółów, zeznań świadków oraz sprawozdań z prac badawczych (180 pozycji inwentarzowych, sygn. I.Z. Dok. III). Zgromadzone w tym dziale materiały dotyczą: mniejszości niemieckiej w Polsce przed 1939 r., egzekucji i pacyfikacji w latach 1939-1945; eksterminacji ludności polskiej; osadzania Polaków i Żydów w więzieniach i obozach koncentracyjnych; konspiracyjnej działalności niepodległościowej; losów kościoła katolickiego w okupowanej Polsce.
4. Dział fotografii (lata 1939-1945, 160 pozycji inwentarzowych, ok. 7000 sztuk, sygn. I.Z. Dok. IV). Około 90 % fotografii jest pochodzenia niemieckiego, pozostałe 10% polskiego. Przedstawiają: działania wojenne na obszarach Polski w 1939 i 1945 r.; działania wojenne w Europie w latach 1940-1945; warunki życia ludności polskiej, niemieckiej i ukraińskiej w Generalnym Gubernatorstwie; ludność niemiecką na terenach polskich włączonych do III Rzeszy; życie w III Rzeszy; położenie ludności polskiej w Kraju Warty; zbrodnię sowiecką w Katyniu w 1940 r.; niemieckie zbrodnie na ludności polskiej, powstanie warszawskie.
5. Dział dokumentów wytworzonych po 1945 r., opracowań oraz materiałów prasowych. (461 pozycji inwentarzowych, sygn. I. Z. Dok. V ). Dotyczą: procesów zbrodniarzy niemieckich, życia społecznego i politycznego Polaków pod okupacją niemiecką w tym: polityki narodowościowej, tajnego nauczania, eksterminacji ludności polskiej, obozów koncentracyjnych, życia religijnego, konspiracji niepodległościowej, powstania warszawskiego. Ponadto w dziale tym znajdują się materiały i dokumenty: Biura Odszkodowań Wojennych z 1947 r.; Polskiego Związku Zachodniego; Sądów Grodzkich; referaty i materiały z sesji naukowych.
Wydzielone kolekcje Archiwum zawierają: zbiór materiałów i dokumentów dotyczących strat inteligencji polskiej w latach II wojny światowej oraz konspiracji wielkopolskiej 1939-1945.
Każdy z działów posiada inwentarz archiwalny oraz opracowany dla całości zbiorów inwentarz rzeczowy. Komplet wszystkich inwentarzy znajduje się w czytelni biblioteki Instytutu.
